سید مجتبی شربتی از توابع روستای خیرآباد در بخش مرکزی شهرستان مشهد استان خراسان رضوی در خانواده‌ ای دوست دار اهل بیت (علیهم السلام) و از نظر اقتصادی متوسط به دنیا آمد. پدرش سید حسین (درگذشت: 1355) معلم قرآن و مادرش معصومه سروری (1305- 1378) خانه دار بود. سید مجتبی دو خواهر و چهار برادر داشت. وی فرزند آخر خانواده بود( اداره ثبت احوال مشهد، سپاه ...، برگ خلاصه...). سید مجتبی قبل از ورود به دوره دبستان تلاوت قرآن و آشنایی با احکام دین را از پدرش فرا گرفت. تحصیلات ابتدایی را در مشهد مهر 1351 آغاز و در خرداد 1356 به پایان رساند. (آزاد، بانک اطلاعات ستاد یادواره شهدای روحانی خراسان رضوی) پس بر اساس وصیت پدرش به کسب علوم دینی پرداخت. دروس مقدماتی را در مدرسه علمیه آیت الله حاج میرزا حسین فقیه سبزواری (ره) گذراند. سپس وارد مدرسه علمیه المهدی (عج) واقع در بلوار طبرسی اول مشهد گردید و تا اتمام سطح سه درس خواند(شربتی، سید محمد؛ مستأجر حقیقی، پایگاه فقیه سبزواری؛ مرکز مدیریت حوزه علمیه خراسان؛ موسوی صص 108-107، سپاه پاسداران ...، مروری بر زندگی نامه ...).