سید محمد اسماعیل موسوی در شهر مشهد استان خراسان رضوی در خانواده‌ ای دوستدار اهل بیت و متوسط به دنیا آمد. پدرش سید حسین (زاده: 1301) روحانی و مادرش بی بی فاطمه موسوی (زاده: 1308) خانه دار بود. سید محمد اسماعیل سه خواهر به نام های: صغرا (زاده: 1333)، رقیه (زاده: 1338) و سکینه (زاده: 1348) و دو برادر به نام های: سید احمد (زاده: 1325) و سید علی (زاده: 1347) داشت او فرزند چهارم خانواده موسوی بود(اداره ثبت ...؛ اداره کل ...، مشخصات ...؛ موسوی، سید سعید، ص 557؛ آزاد، بانک اطلاعات ...). سید محمد اسماعیل قبل از ورود به دبستان از پدرش خواندن قرآن و آشنایی با احکام دینی را فرا گرفت. تحصیلات ابتدایی را در دبستان جوادیه واقع در کوچه جوادیه خیابان طبرسی 25 مشهد آغاز و در خرداد 1356 به پایان رساند. در همین مدرسه با تعالیم و مفاهیم اسلامی آشنا و سپس به دلیل علاقه و سفارش پدرش برای کسب علوم دینی و تحصیل معارف اسلامی، وارد مدرسه علمیه بعثت واقع در خیابان خسروی نو (شهید اندرزگو کنونی) مشهد گردید(اداره بنیاد... مشهد، زندگی نامه ...، علی زاده؛ موسوی، سید سعید، ص 558).