سید حسین در وصیتنامه اش می نویسد:
اقرار دارد زبان و تمام اعضاء و جوارح من به یگانگی خداوند که شریکی ندارد و رسالت تمام اهل بیت او ، وصیت می کنم که هیچگاه خدا را فراموش نکنید. در تمام حالات ، رضایت خداوند را در نظر بگیرید. از دین اسلام و راه و روش خاندان ولایت و امامت اثنی عشری کوتاهی نکنید و از رهبری امام بزرگوار که قلب تک تک ملت است از نعمت رهبری این بزرگوار شکرگزار باشید.
پیکر مطهر روحانی شهید سید حسین حسینی جهانگیری در 1366/04/24 در بهشت رضا (ع) به خاک سپرده شد.